Arrayed primer extension: solid-phase four-color DNA resequencing and mutation detection technology
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Kurg, A.
Tonisson, N.
Georgiou, I.
Shumaker, J.
Tollett, J.
Metspalu, A.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer-reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Genet Test
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
The technology and application of arrayed primer extension (APEX) is presented. We describe an integrated system with DNA chip and template preparation, multiplex primer extension on the array, fluorescence imaging, and data analysis. The method is based upon an array of oligonucleotides, immobilized via the 5' end on a glass surface. A patient DNA is amplified by PCR, digested enzymatically, and annealed to the immobilized primers, which promote sites for template-dependent DNA polymerase extension reactions using four unique fluorescently labeled dideoxy nucleotides. A mutation is detected by a change in the color code of the primer sites. The technology was applied to the analysis of 10 common beta-thalassemia mutations. Nine patient DNA samples, each of which carries a different mutation, and four wild-type DNA samples were correctly identified. The signal-to-noise ratio of this technology is, on the average, 40:1, which enables the identification of heterozygous mutations with a high confidence level. The APEX method can be applied to any DNA target for efficient analysis of mutations and polymorphisms.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
DNA/chemistry/*genetics, DNA Mutational Analysis/instrumentation/*methods, DNA Primers/*chemistry, Evaluation Studies as Topic, Fluorescence, Fluorescent Dyes, Genetic Testing/instrumentation/methods, Heterozygote Detection, Humans, Microchemistry/instrumentation/methods, Nucleic Acid Hybridization/methods, Oligonucleotide Array Sequence Analysis/instrumentation/*methods, Polymerase Chain Reaction/methods, Reproducibility of Results, Sensitivity and Specificity, beta-Thalassemia/diagnosis/*genetics
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10794354
http://online.liebertpub.com/doi/pdfplus/10.1089/109065700316408
http://online.liebertpub.com/doi/pdfplus/10.1089/109065700316408
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής