An automated method for gridding in microarray images
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Giannakeas, N.
Fotiadis, D. I.
Politou, A. S.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer-reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
Microarray technology is a powerful tool for analyzing the expression of a large number of genes in parallel. A typical microarray image consists of a few thousands of spots which determine the level of gene expression in the sample. In this paper we propose a method which automatically addresses each spot area in the image. Initially, a preliminary segmentation of the image is produced using a template matching algorithm. Next, grid and spot finding are realized. The position of non-expressed spots is located and finally a Voronoi diagram is employed to fit the grid on the image. Our method has been evaluated in a set of five images consisting of 45960 spots, from the Stanford microarray database and the reported accuracy for spot detection was 93%
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
Algorithms, Computational Biology/*methods, Databases, Genetic, Image Interpretation, Computer-Assisted, Models, Genetic, Models, Statistical, Numerical Analysis, Computer-Assisted, Oligonucleotide Array Sequence Analysis/*instrumentation/methods, *Pattern Recognition, Automated, Reproducibility of Results, *Sequence Analysis, DNA, Software
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17946343
http://ieeexplore.ieee.org/ielx5/4028925/4461641/04463144.pdf?tp=&arnumber=4463144&isnumber=4461641
http://ieeexplore.ieee.org/ielx5/4028925/4461641/04463144.pdf?tp=&arnumber=4463144&isnumber=4461641
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής