Molecular identification and full genome analysis of an echovirus 7 strain isolated from the environment in Greece
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Kyriakopoulou, Z.
Dedepsidis, E.
Pliaka, V.
Mastorakos, P.
Stamati, A.
Pratti, A.
Levidiotou-Stefanou, S.
Markoulatos, P.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer-reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Virus Genes
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
Two enteroviruses from river water and four from sewage treatment plant were isolated in Larissa, Greece, that all shared the same sequence. A full genome analysis was conducted in an attempt to reveal the evolutionary pathways of one of the isolated strains (LR11F7). VP1 nucleotide and phylogenetic analysis revealed that the isolated strain had 78% homology with the echovirus 7 prototype strain Wallace. Full genome analysis revealed that LR11F7 P1 region is related to echoviruses 7 and that P2 and P3 regions are originating from contemporary enteroviruses isolated in South Asia. Two recombination events were shown to be involved into the evolutionary history of LR11F7, the one event concerning 3A, 3B, and 2C, and the other concerning 3D genomic region, both with new types of HEV-B. The contribution of recombination to enterovirus evolution is substantial, giving rise to new genetic lineages with unknown properties.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
Capsid Proteins/genetics, Cluster Analysis, Enterovirus B, Human/classification/*genetics/*isolation & purification, Fresh Water/*virology, *Genome, Viral, Genotype, Greece, Humans, Molecular Sequence Data, Phylogeny, RNA, Viral/*genetics, Recombination, Genetic, Rivers, Sequence Analysis, DNA, Sequence Homology, Amino Acid
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20094765
http://www.springerlink.com/content/km086r4323274mx5/fulltext.pdf
http://www.springerlink.com/content/km086r4323274mx5/fulltext.pdf
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής