Spot addressing for microarray images structured in hexagonal grids
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Giannakeas, N.
Kalatzis, F.
Tsipouras, M. G.
Fotiadis, D. I.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Elsevier
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Comput Methods Programs Biomed
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
In this work, an efficient method for spot addressing in images, which are generated by the scanning of hexagonal structured microarrays, is proposed. Initially, the blocks of the image are separated using the projections of the image. Next, all the blocks of the image are processed separately for the detection of each spot. The spot addressing procedure begins with the detection of the high intensity objects, which are probably the spots of the image. Next, the Growing Concentric Hexagon algorithm, which uses the properties of the hexagonal grid, is introduced for the detection of the non-hybridized spots. Finally, the Voronoi diagram is applied to the centers of the detected spots for the gridding of the image. The method is evaluated using spots generated from the scanning of the Beadchip of Illumina, which is used for the detection of Single Nucleotide Polymorphisms in the human genome, and uses hexagonal structure for the location of the spots. For the evaluation, the detected centers for each of the spot in the image are compared to the centers of the annotation, obtaining up to 98% accuracy for the spot addressing procedure. (C) 2011 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
microarray image processing, spot addressing, gridding, hexagonal grid, gene-expression, DNA microarray, automatic registration, arrays, hybridization, segmentation
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
<Go to ISI>://000301631800001
http://ac.els-cdn.com/S0169260711002069/1-s2.0-S0169260711002069-main.pdf?_tid=4d162a3ba3e53579721782b9d4196412&acdnat=1339757140_55bfaefc0c8578e4d70d8959041bba48
http://ac.els-cdn.com/S0169260711002069/1-s2.0-S0169260711002069-main.pdf?_tid=4d162a3ba3e53579721782b9d4196412&acdnat=1339757140_55bfaefc0c8578e4d70d8959041bba48
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών