Repeatability of published microarray gene expression analyses
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Ioannidis, J. P.
Allison, D. B.
Ball, C. A.
Coulibaly, I.
Cui, X.
Culhane, A. C.
Falchi, M.
Furlanello, C.
Game, L.
Jurman, G.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer-reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Nat Genet
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
Given the complexity of microarray-based gene expression studies, guidelines encourage transparent design and public data availability. Several journals require public data deposition and several public databases exist. However, not all data are publicly available, and even when available, it is unknown whether the published results are reproducible by independent scientists. Here we evaluated the replication of data analyses in 18 articles on microarray-based gene expression profiling published in Nature Genetics in 2005-2006. One table or figure from each article was independently evaluated by two teams of analysts. We reproduced two analyses in principle and six partially or with some discrepancies; ten could not be reproduced. The main reason for failure to reproduce was data unavailability, and discrepancies were mostly due to incomplete data annotation or specification of data processing and analysis. Repeatability of published microarray studies is apparently limited. More strict publication rules enforcing public data availability and explicit description of data processing and analysis should be considered.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
Animals, Data Interpretation, Statistical, *Databases, Genetic, Gene Expression Profiling/*standards, Genome-Wide Association Study/standards, Humans, Oligonucleotide Array Sequence Analysis/*standards, *Peer Review, Research, Publications/standards, Reproducibility of Results
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19174838
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής