Testing the Order of Markov Dependence in DNA Sequences
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Menendez, M. L.
Pardo, L.
Pardo, M. C.
Zografos, K.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Springer Verlag (Germany)
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Methodology and Computing in Applied Probability
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
DNA or protein sequences are usually modeled as probabilistic phenomena. The simplest model is created on the assumption that the nucleotides at the various sites are independently distributed. Usually the type of nucleotide at some site depends on the type at another site and therefore the DNA sequence is modeled as a Markov chain of random variables taking on the values A, G, C and T corresponding to the four nucleotides. First order or higher order Markov models provide better fit to a DNA sequence. Based on this remark, the aim of this paper is to present and study a family of test statistics for testing order Markov dependence in DNA sequences. This new family includes as a particular case the classical likelihood ratio test. A simulation study is presented in order to find test statistics, in this family, with a better behaviour than the likelihood ratio test.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
DNA sequence, markov dependence, likelihood ratio test, phi-divergence test statistics, divergence, chain
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
<Go to ISI>://000286707200003
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Μαθηματικών