Μοριακή ταυτοποίηση και φυλογενετική ανάλυση απομονωθέντος παρασίτου Dirofilaria repens
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Πέρτσαλης, Αθανάσιος
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
Η φυλογενετική, υποκλάδος της επιστήμης της εξελικτικής βιολογίας, με τη βοήθεια της βιοπληροφορικής, αποτελεί το πλέον αξιόπιστο μέσο για την μοριακή ταυτοποίηση των παρασίτων που προκαλούν νόσο στον άνθρωπο. Στην παρούσα μελέτη έγινε μία προσπάθεια εισαγωγής στον τομέα της φυλογενετικής ανάλυσης, μέσω συνολικής περιγραφής των πιο χαρακτηριστικών μεθοδολογιών και προβλημάτων της. Συγκεκριμένα επιχειρήθηκε να περιγραφούν τα διάφορα τμήματα κατασκευής ενός φυλογενετικού δέντρου και να ταυτοποιηθεί μοριακά ένας έλμινθας, ο οποίος είχε αφαιρεθεί χειρουργικά από ανθρώπινο οφθαλμό, μέσω σύγκρισης των 12S rRNA (MK192091), 18S rRNA (MK192092, MK192093) και COI (MK210632) αλληλουχιών του με αντίστοιχες αλληλουχίες άλλων οργανισμών, στην ανάλογη βάση δεδομένων του NCBI, με χρήση του πακέτου λογισμικού MEGA-X. Οι αλληλουχίες 12S και 18S rRNA του υπό μελέτη έλμινθα παρουσίασαν συντελεστή ομοιότητας 100% και η COI 99% με αντίστοιχες αλληλουχίες ελμίνθων του είδους Dirofilaria repens με προέλευση από την Ιταλία (KX265072, AB973229 και AB973225 αντίστοιχα), γεγονός που οδήγησε και στην τελική ταυτοποίησή του ως Dirofilaria repens.
Phylogenetics, which is a subfield of evolutionary biology, in combination with bioinformatics is currently considered to be the most reliable tool for accurate molecular identification of parasites causing human or animal diseases. An extensive synopsis of the most typical methodologies and problems encountered is presented, together with a phylogenetic tree building process description. Additionally, the molecular identification of a nematode helminth surgically removed from a human eye and microscopically being identified as Dirofilaria spp. was performed. The molecular identification was based on the comparison of the 12S rRNA (MK192091), 18S rRNA (MK192092, MK192093) and COI (MK210632) sequences of this helminth with the respective sequences of other organisms using the MEGA-X software package and the proper database provided by NCBI. The 12S rRNA and 18S rRNA parasite of interest sequences proved to be identical (100% similarity), while its COI sequence was 99% similar to Dirofilaria repens sequences from Italy (KX265072, AB973229 and AB973225 respectively). These findings resulted to its identification as nematode of the species Dirofilaria repens.
Phylogenetics, which is a subfield of evolutionary biology, in combination with bioinformatics is currently considered to be the most reliable tool for accurate molecular identification of parasites causing human or animal diseases. An extensive synopsis of the most typical methodologies and problems encountered is presented, together with a phylogenetic tree building process description. Additionally, the molecular identification of a nematode helminth surgically removed from a human eye and microscopically being identified as Dirofilaria spp. was performed. The molecular identification was based on the comparison of the 12S rRNA (MK192091), 18S rRNA (MK192092, MK192093) and COI (MK210632) sequences of this helminth with the respective sequences of other organisms using the MEGA-X software package and the proper database provided by NCBI. The 12S rRNA and 18S rRNA parasite of interest sequences proved to be identical (100% similarity), while its COI sequence was 99% similar to Dirofilaria repens sequences from Italy (KX265072, AB973229 and AB973225 respectively). These findings resulted to its identification as nematode of the species Dirofilaria repens.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
Φυλογενετική ανάλυση, Φυλογενετικά δέντρα, Παράσιτο, Βιοπληροφορική, Μοριακή ταυτοποίηση, MEGA-X, NCBI, 12S rRNA, 18S rRNA, COI, Dirofilaria repens, Parasite, Bioinformatics, Phylogenetic analysis, Phylogenetic trees, Molecular identification
Θεματική κατηγορία
Βιοπληροφορική
Παραπομπή
Σύνδεσμος
Γλώσσα
el
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής
Όνομα επιβλέποντος
Μποζίδης, Πέτρος
Εξεταστική επιτροπή
Μποζίδης, Πέτρος
Παπαδοπούλου, Χρυσάνθη
Σακκάς, Ηρακλής
Παπαδοπούλου, Χρυσάνθη
Σακκάς, Ηρακλής
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής
Πίνακας περιεχομένων
Χορηγός
Βιβλιογραφική αναφορά
Βιβλιογραφία: σ. 70-77
Ονόματα συντελεστών
Αριθμός σελίδων
77 σ.