Sequence-based protein structure prediction using a reduced state-space hidden Markov model
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Lampros, C.
Papaloukas, C.
Exarchos, T. P.
Goletsis, Y.
Fotiadis, D. I.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Elsevier
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Comput Biol Med
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
This work describes the use of a hidden Markov model (HMM), with a reduced number of states, which simultaneously learns amino acid sequence and secondary structure for proteins of known three-dimensional structure and it is used for two tasks: protein class prediction and fold recognition. The Protein Data Bank and the annotation of the SCOP database are used for training and evaluation of the proposed HMM for a number of protein classes and folds. Results demonstrate that the reduced state-space HMM performs equivalently, or even better in some cases, on classifying proteins than a HMM trained with the amino acid sequence. The major advantage of the proposed approach is that a small number of states is employed and the training algorithm is of low complexity and thus relatively fast. (C) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
structure prediction, fold recognition, hidden markov models, protein classification, support vector machines, fold recognition, secondary structure, neural networks, alignment
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
<Go to ISI>://000249489700001
http://ac.els-cdn.com/S0010482506001995/1-s2.0-S0010482506001995-main.pdf?_tid=0083e658825388d107524658e307b1b7&acdnat=1339758375_2ae10221c65f7d088804401f69608181
http://ac.els-cdn.com/S0010482506001995/1-s2.0-S0010482506001995-main.pdf?_tid=0083e658825388d107524658e307b1b7&acdnat=1339758375_2ae10221c65f7d088804401f69608181
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών