An automated method for gridding and clustering-based segmentation of cDNA microarray images
Φόρτωση...
Ημερομηνία
Συγγραφείς
Giannakeas, N.
Fotiadis, D. I.
Τίτλος Εφημερίδας
Περιοδικό ISSN
Τίτλος τόμου
Εκδότης
Elsevier
Περίληψη
Τύπος
Είδος δημοσίευσης σε συνέδριο
Είδος περιοδικού
peer reviewed
Είδος εκπαιδευτικού υλικού
Όνομα συνεδρίου
Όνομα περιοδικού
Computerized Medical Imaging and Graphics
Όνομα βιβλίου
Σειρά βιβλίου
Έκδοση βιβλίου
Συμπληρωματικός/δευτερεύων τίτλος
Περιγραφή
Microarrays are widely used to quantify gene expression levels. Microarray image analysis is one of the tools, which are necessary when dealing with vast amounts of biological data. In this work we propose a new method for the automated analysis of microarray images. The proposed method consists of two stages: gridding and segmentation. Initially, the microarray images are preprocessed using template matching, and block and spot finding takes place. Then, the non-expressed spots are detected and a grid is fit on the image using a Voronoi diagram. In the segmentation stage, K-means and Fuzzy C means (FCM) Clustering are employed. The proposed method was evaluated using images from the Stanford Microarray Database (SMD). The results that are presented in the segmentation stage show the efficiency of our Fuzzy C means-based work compared to the two already developed K-means-based methods. The proposed method can handle images with artefacts and it is fully automated. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Περιγραφή
Λέξεις-κλειδιά
microarray image processing, gridding, segmentation, k-means, fuzzy c means, DNA microarray, gene-expression
Θεματική κατηγορία
Παραπομπή
Σύνδεσμος
<Go to ISI>://000262692200006
http://ac.els-cdn.com/S0895611108001018/1-s2.0-S0895611108001018-main.pdf?_tid=e492477cb5a849ab7666b7644698c4ec&acdnat=1339757179_18fa408075624e9a45cd06f474c31b88
http://ac.els-cdn.com/S0895611108001018/1-s2.0-S0895611108001018-main.pdf?_tid=e492477cb5a849ab7666b7644698c4ec&acdnat=1339757179_18fa408075624e9a45cd06f474c31b88
Γλώσσα
en
Εκδίδον τμήμα/τομέας
Όνομα επιβλέποντος
Εξεταστική επιτροπή
Γενική Περιγραφή / Σχόλια
Ίδρυμα και Σχολή/Τμήμα του υποβάλλοντος
Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Θετικών Επιστημών. Τμήμα Μηχανικών Επιστήμης Υλικών